人类也被称为李林（lilin），作为莉莉丝的后裔，在使徒的眼中人类也是使徒，只是个体的at力场相当微弱。
反at力场，正如字面上的意思，可以抵消at力场。人类失去了自身的at力场，将无法维持自我，也就无法维持形体，成为一滩橙汁一般的lcl液，精神或者说灵魂依然存在。
eva系列的各个机体来源不一，有些是莉莉丝的复制体、有的是亚当的复制体，还有亚当的残骸建造。
初号机，莉莉丝的复制体，搭载了莉莉丝的核心，可以说是莉莉丝的分身。但是，核心中并非莉莉丝的灵魂，而是碇真嗣母亲碇唯的灵魂。十多年前，碇唯提出核心直连技术，如果成功，人类就算是制造出了真正的神。之后，碇唯亲自作为试验体，结果实验失败，碇唯融入初号机核心，成为初号机的控制系统，她的情报遗留下来，克隆了凌波丽，并成为莉莉丝灵魂的载体。
是以色ele也称初号机为虚假的神，鉴于实验失败色ele已经放弃初号机，只是作为打败使徒的道具，碇源渡却用初号机进行自己的计划。只要获得生命之果，再有一个强大的灵魂，初号机就可以完全觉醒，直达神之境地，可以成为引发冲击、补完人类的道具。
此时，机缘巧合之下，初号机觉醒的条件齐备。
初号机觉醒，手臂躯干上分布的绿色荧光涂装变成红色，十多对光翼冲上高空，头顶开启漆黑的guf之门，一圈圈红色的波纹扩散。
guf之门，不知连通到哪个空间或者宇宙，能量爆发伴随巨大的吸力，第三新东京市特殊装甲出现一个十字形裂口，在那股吸力下翻卷，彻底给撕成了四瓣，一片暗红色的光辉中，大地分崩离析，一栋栋大楼飞上半空，支离破碎，第三新东京市就此毁灭。
与此同时，初号机与nerv终极教条中的莉莉丝共鸣，莉莉丝本体没有了隆基努斯之枪的压制，也开始觉醒，存在于生命因子中的程式，开始运作。
将生命之源比作一个拥有自我意识的机器人的话，身体是硬件，意志是软件，灵魂是自我意识。所以，即便没有灵魂，条件达到，莉莉丝也会按照既定好的程序，开启生命进化的程序。
位于地底深处的黑之月也开始运作，大地剧烈震动，已近不属于地震的范畴，整个就是翻天覆地，大地引力变化，什么东西要冲出地面。
当然如果就这么完成第三次冲击，人类补完计划显然会失败，还有两个使徒没有消灭，它们不会让仪式顺利完成，人类进化所需的因子也不足，可以说，人类补完计划，就是抢夺使徒的进化成果，以此促进人类的进化。
色ele不会坐视不管，早早派出渚薰驾驶六号机，在第三新东京市上空待机，就是为了以防万一。只是事情的发展再次超脱了色ele的剧本，竟然同时出现两个使徒，nerv总部无法阻挡两个使徒，不得不让六号机加入战斗。
现在初号机觉醒，再次违背了色ele的剧本，第三次冲击即将爆发，让渚薰阻止第三次冲击……
如果以前，确实会听从命令，平静地接受自己的命运。如今渚薰的想法已经改变许多，
凭什么一定要人类完成补完？人类就真的优秀，真的算是成功的生命，注定是天地的主宰？
绝对不是，也许当初初始种族的想法本身就存在错误，人为影响生命的进化本身就是一个错误，初始种族也没说一定要人类获得最后的胜利，对于整个世界来说，怎么样都是无所谓的吧！比起那些，自己和自己在乎的人更加重要对吧！
nerv中央教条的废墟当中，碇源渡和冬月耕造艰难地爬出地面，正好目睹初号机的觉醒。
碇源渡希望初号机觉醒，并为此制定了详细的计划，就连他的儿子碇真嗣也只不过当做棋子看待。现在初号机觉醒了，但是似乎与他的计划并不同，他此时也不清楚具体状况。
碇源渡终究只是人类，什么总司令之类的头衔，也不能让他什么都不依靠就飞上天，满是阴谋诡计的大脑，也不会增加他一点体力。智慧当然重要，但是许多问题并不是单靠智慧可以解决的，碇源渡有生以来再一次，深切感觉到身为人的无力。
趁着两个使徒来袭，所有eva忙于迎战无暇分身，兰斯大肆破坏nerv的基础设施，以至于，整个基地百分之九十以上的机能失效。
兰斯冲进终极教条的时候，碇源渡也只能眼睁睁看着兰斯肆无忌惮，不对，他根本看不到，因为停电，他被困在电梯里，想要成神的男人，豪言即使是神的意志也不能阻挡，竟然被困在小小的电梯里……怨念！
沿着紧急逃生的坑道，爬出来的时候，碇源渡和冬月耕造都是灰头土脸，几次差点摔死，应了祸害遗千年那句话，老碇凭借坚强的意志，终于活下来，成神什么的……先喘口气再说。
果然还是要成为神！松了一口气的老碇，再次坚定信念，并且思索眼前的局面的状况，以及怎么利用。
初号机觉醒期间，渚薰已经夺回卡西乌斯之枪，战斗力暴涨，三下五除二将第十使徒的生命之果穿透，只是这颗生命之果原本是四号机的，第十使徒依然活动，渚薰将其肢解，找到真正的核心彻底粉碎，才打败第十使徒。
“觉醒了吗？真嗣君，你没事？”
“薰君，这……是怎么回事？凌波，她……”
“侵蚀型使徒对她的精神，造成了一些影响，以至于潜藏在体内的莉莉丝的灵魂觉醒。”渚薰解释凌波丽变化的缘由，“浅层意识沉睡，完全的莉莉丝的灵魂，不带杂质，这倒是省了许多麻烦。”
“莉莉丝……那……现在……”真嗣从兰斯口中知道人类补完计划，自然知道莉莉丝是什么，具体的灵魂之类的，他可搞不明白，外界世界末日一般的景象，已让他心慌意乱。
“没错，现在就是第三次冲击的前兆，不过，这一切可不在老人们的剧本中。老人们要我阻止第三次冲击，不过，在做决定之前，我想问问莉莉丝的看法，不过，这个过程需要一些世间，现在情况可不太妙。”
情况确实不太妙，远方升起许多道十字形的光柱，光焰烟尘之中，依稀可以看到一个个巨大的影子，轰隆隆地接近。
“那些是什么？eva？”真嗣分辨出那些巨人的形态与eva非常类似。
“进化之后的人类，因为是强行进化，形态并不完全，本能地想要回归莉莉丝，不是很强，但是数量太多。”
西南方向的天边，一只明亮巨大的的鸟形物体正在迅速接近，六对巨大的发光的翼翅，应该是第十一使徒。这还没完，距离第三新东京市不远的大海翻腾着，其中隐约可以看到一个巨型的生物，那是一个前端如同苞，后部又与章鱼类似，一条条红色光鞭一样的触手，身体四周是水母一般的发光裙带一般的奇异使徒，第十二使徒。
两个使徒同时来袭，在这种关键时刻，它们不再遵守之前的规则，目的就是争夺生存的权利、进化的权利，为此，当然要打断人类补完的仪式，消灭阻碍它们的一切。
“哎呀，这下可真热闹了，这些算不算我搞出来的？哎……嗨，渚薰，你这机体就是人造的神，造型差了点。”兰斯缓缓从地下升起，见到渚薰，打了个招呼。
兰斯还是那么随意，渚薰失笑，道：“老人们称之为真正的eva，人造的神，也不过是完成他们计划的工具而已，不过，现在可不是说这些的时候，兰斯君，可以帮个忙吗？”
“说吧，只要在我能力范围内。”兰斯可不会大包大揽。
“请你帮忙挡一下，争取一些时间，我和莉莉丝谈谈。”渚薰请求道。
兰斯感知了一下，扫描系统看了看，也有些吃惊，道：“都一起来了？这么离谱……不过，应该没有关系，我现在可是实力暴涨！”书记系统显示无论是使徒、巨人都有解析价值，要他采样。
随着世界解析的进度兰斯的力量增强，零界战衣、黑杀剑解锁进度达到百分之八十以上，小宇宙、巨人化、妖气完全解锁，已经临近最强状态，几乎可以打爆一切的力量之前，巨人使徒什么的，一切都是渣！
“那么拜托你了！”
渚薰飘出了六号机，浑身白光，同时，在初号机的前方出现一个透着白光的凌波丽，渚薰与凌波丽就这么对视，没有话语，两人周身的光，光谱不断变化，以一种特有的方式交流。
兰斯开始使徒化，背上一对光翼冲天而起，头顶也出现一道明亮的光圈，与使徒、eva的光圈不同，他的光圈是银色，月光一般柔和。
那个鸟形的第十一使徒已经接近，这个使徒具有相当特殊的能力，确实难以对付，如果是一般人的话——侵蚀精神，就是鸟形使徒的能力，洒下可以侵蚀精神的光辉，那边二号机中的明日香受到影响，传出她的惨叫声。
“不要，不要进去……不要进到里面……”翻译成日语“雅蠛蝶……雅蠛蝶呀……”相当容易让人引起误会的尖叫声，当然，在这种世界末日一般的场景中，一般人不会想到乱七八糟的事情上去。
兰斯从来不算一个正常人，虽说面对那么多巨人，还有两个使徒，心里真没啥压力，一边准备战斗，兰斯忍不住仔细听了听，明日香叫得还有点带感，很有潜质！
三号机也受到侵蚀，里面的驾驶员，竟然在快乐地唱歌，如同幼儿园的小朋友表演节目，啦啦啦地胡乱哼着，听着有些傻，三号机的驾驶员应该是一个非常乐观的孩子，这种时候都能保持愉快的情绪，一般人可做不到。
鸟形使徒也试图侵蚀兰斯的精神，可能有用吗？兰斯的精神对于使徒来说完全不是一个层次，它只能感觉到一片空荡荡的。
同时，兰斯已经想到针对鸟形使徒的作战方式，鸟型使徒就那么悬在半空不动，简直是送上门的活靶子，扫描系统启动，瞄准鸟形使徒核心，双肩的蓝色晶体变换形态。
雷米变换形态，远程狙击模式，雷米光炮准备完成……小宇宙燃烧，星河雷光就绪，星河雷光合并雷米狙击光炮——这招就叫——去死吧，傻鸟！一声霹雳声，一道闪动电光的金色光炮，撕开大气，空气中凭空生出无数电蛇。
毫无悬念，光炮瞬间穿透at力场，直接穿透使徒的核心，鸟形使徒发出一声怪异的尖叫，三对光翼迅速收缩，然后整个爆开，第十一使徒消灭，金色光炮并未消失，直接射出大气层没在宇宙中划过一道光线。
第十二使徒也已经抵达，似乎也能感知兰斯的强大，也并未表现什么特殊的攻击能力，只是迅速接近，它的目标竟然是三号机，一下扑上三号机，三号机的插入栓弹出，第十二使徒苞一样的前端忽然张开，可以见到四壁都是密密麻麻的利齿，看起来特别渗人，中央伸出数条变色龙舌头一样触须，一下就将三号机卷住拉了进去，苞合拢。
兰斯手一晃，隆基努斯之枪出现在手中，高高跃起，极其尖细的叉子一样的前端，一下便从中部插入，将第十二使徒穿成一个串烧，烤章鱼似的，三号机给吐了出来，不过，它那些光鞭一样的触须不断抽打，兰斯想找到第十二使徒的生命之果，结果发现没有生命之果。
高高举起隆基努斯之枪，双肩的晶体喷射火焰似地射出两道宽大的光柱，第十二使徒成了一只名副其实的烤章鱼，不过，可能焦了一点。
第十二使徒就这么简单的死了？兰斯觉得有点不对，忽然，他感觉三号机有些异常，仔细一观察。
原来，第十二使徒与第十使徒同样是寄生型，不过有些不同，地十二使徒类似于异形，可以在敌人体内产卵，此时，它已经迅速增殖，三号机整个如同麻一样扭曲，伴随着不断增强的at力场。
兰斯自然不会等着它完成增殖，连续轰出几炮，将三号机轰出几个窟窿，随后，只见一截截两头闪动红光的黑色电缆一般的东西涌出，成百上千条扭成一条粗大的绳索，在空中灵活地飞舞扭曲。
兰斯以光炮轰击，竟然没用，这家伙全身都是核心，可以说本身就是一个生命之果，轰碎它的一部分，很快又增殖出更多的。
兰斯想用隆基努斯之枪将第十二使徒插爆，这家伙太滑溜，而且还能分裂，兰斯隆基努斯之枪扎下，它散开成小股小股，一条条小蛇一样，滑向那些逼近的巨人。
那些巨人只是人类强行进化而成，此时的进化并不完全，形态上类似于eva，但却没有eva那样强的力量。
此时，第十二使徒的分体钻入这些巨人的体内，融合在瞬间完成，巨人们胸口都生出一颗小小的生命之果，眼中顿时红光闪耀，咆哮着，直扑兰斯。
“不要以为这样就拿你没辙啊！离子闪电光速拳！”第十二使徒的能力真有些恶心，不过，兰斯一点也不怕，挥出一记对付打量敌人的绝招。。
圣斗士世界中，艾奥里亚可以在一秒钟挥动一亿次拳头，由于不同的世界、世界密度之类的关系，兰斯自然不可能一秒挥动一亿次，不过，几千上万拳之类的还是没问题的……
闪电离子光速拳，数千的巨人，一下给轰爆生命之果，四分五裂，不过，远方有更多的巨人源源不断地赶来，同时，地十二使徒在其他巨人体内增殖，想要再转移到其他巨人体内。
如果让第十二使徒控制所有巨人，那可是几百万、乃至上千万，战斗可就没完没了了……略微沉思，兰斯飞上半空，实体化的at力场，构成一个巨型的罩子倒扣而下，将那些巨人和地十二使徒罩住，让他们无处可逃。
星河雷光——爆！
一拳轰出，数千巨人爆开，无数红色液体流淌，整个罩子都染成了血红色，就在血色之中，地十二使徒依然存活，此刻的形态再次变化，那是一个巨大的血红色胎儿模样，还伴随着婴孩的啼哭声。
怎么解决这个家伙？兰斯正苦恼，雷米传来一个念头，吃掉？
对于这么一个怪东西，兰斯可不怎么吃得下口，但是，也没有太多时间考虑，使徒化躯体的面甲打开，张嘴一吸，十二使徒那巨大的婴儿形态迅速缩小，直到聚合成一颗生命之果，兰斯一口吞下……味道竟然真的不错，吞了一个热布丁下去似的。
接下来，兰斯就是应付那些巨人，让他们不要冲过来，不过，依然许多进入地下，前往莉莉丝本体的所在。
“好了，接下来就看莉莉丝的决定。”
渚薰的声音传来，他终于完成与莉莉丝的沟通，凌波丽消失不见，渚薰回归六号机，手持卡西乌斯之枪，注视着初号机。
“你都跟她说了些什么？”兰斯问道，那些巨人对他毫无压力，边打边聊。
“只是让莉莉丝考虑一下，人类这种生命形态是否真有补完的必要、以及资格。”
渚薰如此回答，大略意思确实是这个，当然，实际上要复杂得多，色ele那些老人所期望的世界太过理想化，所有人类的精神融为一体，人类能够相互理解了，就能够和平共处了吗？不能，思想上的矛盾依然会存在，如同一个人也会出现各种精神上的矛盾，疾病，走向自毁也不少见，即使获得新的生命形态，同样如此。
无论人类将进化方向引向何方，只会留下人类这种单一的生命，世界都是多样的，生命也应该是多样的，单一的生命形态，不可能真正适应所有情况，每种生命都应该有它存身之所。
渚薰学习了小宇宙的力量后，也感悟到一点，无论什么样的生命，也只不过是宇宙的一部分，都是宇宙的一部分，形态重要吗？
真的存在终极、真的存在完美？如果是终极、如果是完美，没有了更进一步的能力，万物相生相克，才是宇宙的真理，追求单一的完美，本身就是一个错误。
渚薰得出的结论是，补完已经没有必要，那么，莉莉丝会得出什么样的结论？
初号机停止了神化状态，光翼收拢落地，guf之门关闭，不过，初号机整体包裹在一圈白色的光芒中。
初号机一动不动，兰斯不禁问道：“莉莉丝在干嘛？”
“应该是在观察人类吧，莉莉丝的灵魂与我不同，她的一些碎片潜藏于人类本身的意识中，为了做出决定，她需要对于人类的正确的认知。”
初号机停止神化状态，第三次冲击没能完成，但是，第三次冲击造成的影响依然继续。
此时在nerv总部的中心位置，缓缓升起一座完全不符合建筑力学的建筑物，一根数十米粗细的石柱，直冲数千米高空，顶起一个巨型的倒金字塔型的平台，一根麦秆顶起了一个西瓜，最顶端也就是倒金字塔的顶部，平台上耸立一些方尖塔，如同一个古代的祭坛。
“人类修筑的成为神的祭坛——通天塔，人类的野心不小，看来有人打算完全抛开莉莉丝，让自己成为神呢。”兰斯与初号机内的真嗣正因这个突然出现的建筑疑惑，渚薰给出了一个让两人吃惊的答案。
渚薰知道人类的野心，莉莉丝自然也知道，能够潜入人心的她，更加了解人类的真实想法，对于那些人类来说，只是在一瞬间看到自己最爱的人一般。
人类的其他一些行为、想法，莉莉丝也都全部了解，沉睡无数年的她，不得不考虑一个问题，作为她后裔的人类，这样的生命究竟是成功还是失败？真的得到生命之果，成为完美的生命？
作为智慧之树的本我意识，她比亚当具备更高的判断能力，得到的答案比渚薰更加明确，得出答案是：不会！
拥有智慧，同时也因为智慧产生种种愚蠢的情绪、想法、自以为是、狂妄自大，人类无疑是一个极其危险的种族。得到生命之果的人类，他们只会成为一群害虫，将大地、将宇宙都摧毁殆尽，也将自身引向毁灭。
为了自身的进化以及一些私心，甚至想干掉莉莉丝本身，莉莉丝与亚当一样，散布生命种子，是为了本身生命形态的进化，可不是专门跑来为人类服务的，助人为乐的。
莉莉丝的本体可以说就是一个生物电脑，按照程序行事，不过，如同所有电脑一般，程序可不止一套，此刻，在本体受到繁衍的智慧生命判定为失败品、本身受到威胁的情况下，另一套程序启动。
嗷吼——！
初号机发出咆哮，再次飞上半空，光翼再次张开，不过与上一次不同，反at力场与光翼都呈现一种暗红色的状态，远远看去，黑色的羽翼一般，初号机的头顶出现的guf之门，除了一圈圈红色的光圈外，还有一圈圈燃烧的火焰，一种相当特殊的红色火焰。
“又是什么状况？”兰斯随手轰爆几十个巨人，正要扑下去，只见附近的巨人自己爆开，化作橙汁一般的液体。
“莉莉丝到底得出了什么结论，竟然启动了这个程序？！”渚薰有些惊愕地道，莉莉丝启动的是——生命灭绝程序。
同一时间，地底的莉莉丝本体同时释放出反at力场，那些想要回归莉莉丝的巨人，全部液化，依然是回归莉莉丝，但是，在那黑色的光翼和火焰的灼烧中，人类的精神开始消散。
“那是净化世界的业火，神已经抛弃了吾等。”
nerv总部的一切都落在色ele的眼中，老人们拥有智慧之果，自然清楚这样的变化意味着什么，莉莉丝这是要灭绝人类！
“人类补完计划……失败……”
“神的怒火将将人类燃烧殆尽。”
“我们无力阻止，一切将归于毁灭。”
“世界依然会留存，等待下一个轮回。”
“不过，我们并非只能坐以待毙！”
“就算死亡，人类也可以自己选择方式。”
“不需要没有人类的世界。”
“不属于人类的世界没有存在的必要。”
“那么，就一起前往永恒的死亡吧！”
随着这些在世界的某个隐秘处的声音，一个个蘑菇云腾起，一座座城市毁灭，在光与火中燃烧殆尽，无数生命消逝，大地开裂，山岳崩塌、江河断流，千米高的红色海浪席卷天地……
莉莉丝抛弃人类，执行灭绝程序，人类补完计划无法进行，色ele的老人们干脆炸毁地球，让人类以自己的方式死去，而不是神的赐予。
巨大而连续的爆炸终于对整个地球造成影响、火山爆发，地下岩浆涌出，在这么下去，地球似乎要回到数十亿年前刚成型时候的形态，数十亿年生命进化，塑造自然的成果，因为人类的一己之私，眼看即将毁于一旦。
本来人类补完计划只是榨一锅橙汁，现在倒好，橙汁变成火锅大杂烩，而且火锅打倒在了炭火上面，眼看就要全部蒸发，整个地球成为桑拿房。
“人类还真是疯狂啊，我有些明白莉莉丝为何会启动这个程序了！”
因为nerv的存在，周边没有埋设毁灭装置，但是依然可以感受得到，地球的巨变，第三新东京市外一个千米高的海浪正缓缓逼近，如此场景，渚薰都有些错愕。
“呃……这就是末世的景象？说真的，还真壮观！地球不会整个爆掉吧？”
这种时候还能有心情说这些的，东张西望观赏末日景色，并说几句事不关己的风凉话的，也只有兰斯。不过，作为朋友，渚薰、真嗣今后怎么办？
兰斯正想着，忽然，周围的一切停滞，在天空的极高处，出现一个漩涡，金色的光辉洒下，初号机再次落下，停止了灭绝程序，望向天空。
“有什么降临了？！这是小宇宙？不对，简直就是宇宙！”渚薰惊愕无比。
一道光柱直落兰斯的身侧，几个人影以看似缓慢，其实极快的速度落下，光柱消失，一个身穿古朴铠甲，分不清男女的小孩子出现在兰斯面前，行礼道：“吾父。”
“哦，原来是卡俄斯啊，看来世界通道已经开启。”兰斯一见，抱过卡俄斯，再看其他人却是阿释密达和雅柏菲卡两人，都是身披暗金黄金圣衣，兰斯有点小小失望。
“真是一个悲惨的世界，我听到无数灵魂的哀嚎……”阿释密达感叹道，他如今负责照料卡俄斯，即使成神，双目重见光明，依然喜欢闭着双目。
“这种世界毁灭的景象，看来，这个世界并非安乐之所。”
雅柏菲卡观察了一番，有些失望，他跟着卡俄斯前来，完全是因为给阿布罗狄烦得不行，阿布罗狄声称爱是没有界线的，即使到巨人世界、大剑世界也追着他不放，雅柏菲卡是一个心理正常的男子（他自认为的），为了清静一段时间，只能跟随到这个新世界，希望避一段时间，结果，刚一出来就看到一片末世的景象。
“卡俄斯你过来玩的？”兰斯问道。
“我来看看能否接管这个新世界。”卡俄斯回答，直接通过精神与兰斯沟通。
“还能接管世界？那么这个世界可以吗？”
“这个世界并无自我意识，我可以接管，请吾父允许。”
“你想怎么做就怎么做吧，洛亚他们在干什么？”
“吾兄正在整理世界。”
“整理世界？”
“吾兄接管的几个世界连接，一些法则变化，需要及时调整，以迅速稳定世界。”
“迪妮莎、克蕾雅、三笠，他们呢？”
“她们应该正在冲击人神界线。”
兰斯点点头，不再多说，问道：“这个星球即将毁灭，你有办法恢复吗？”
“吾父希望恢复到什么程度？”卡俄斯问道。
“有哪些方案？”
卡俄斯将所有方案传给兰斯，最复杂的，直接开辟一个平行宇宙，那要等卡俄斯完全接管这个世界，并且消耗许多力量。一般的，将时间回流，可以恢复到第三次冲击前的状态，越往前所需的能量越多，并且还是要等一段时间，卡俄斯掌控这个世界的时间长河再说。最简单的，就是将地球的伤痕抹平，修补一下完事。
“不用那么麻烦，一般般就行，先把现在的状况稳定下来。”兰斯可没那么高的要求，对他来说，抹平就足够了，这一切也不是他造成的，大概吧。
反at力场，正如字面上的意思，可以抵消at力场。人类失去了自身的at力场，将无法维持自我，也就无法维持形体，成为一滩橙汁一般的lcl液，精神或者说灵魂依然存在。
eva系列的各个机体来源不一，有些是莉莉丝的复制体、有的是亚当的复制体，还有亚当的残骸建造。
初号机，莉莉丝的复制体，搭载了莉莉丝的核心，可以说是莉莉丝的分身。但是，核心中并非莉莉丝的灵魂，而是碇真嗣母亲碇唯的灵魂。十多年前，碇唯提出核心直连技术，如果成功，人类就算是制造出了真正的神。之后，碇唯亲自作为试验体，结果实验失败，碇唯融入初号机核心，成为初号机的控制系统，她的情报遗留下来，克隆了凌波丽，并成为莉莉丝灵魂的载体。
是以色ele也称初号机为虚假的神，鉴于实验失败色ele已经放弃初号机，只是作为打败使徒的道具，碇源渡却用初号机进行自己的计划。只要获得生命之果，再有一个强大的灵魂，初号机就可以完全觉醒，直达神之境地，可以成为引发冲击、补完人类的道具。
此时，机缘巧合之下，初号机觉醒的条件齐备。
初号机觉醒，手臂躯干上分布的绿色荧光涂装变成红色，十多对光翼冲上高空，头顶开启漆黑的guf之门，一圈圈红色的波纹扩散。
guf之门，不知连通到哪个空间或者宇宙，能量爆发伴随巨大的吸力，第三新东京市特殊装甲出现一个十字形裂口，在那股吸力下翻卷，彻底给撕成了四瓣，一片暗红色的光辉中，大地分崩离析，一栋栋大楼飞上半空，支离破碎，第三新东京市就此毁灭。
与此同时，初号机与nerv终极教条中的莉莉丝共鸣，莉莉丝本体没有了隆基努斯之枪的压制，也开始觉醒，存在于生命因子中的程式，开始运作。
将生命之源比作一个拥有自我意识的机器人的话，身体是硬件，意志是软件，灵魂是自我意识。所以，即便没有灵魂，条件达到，莉莉丝也会按照既定好的程序，开启生命进化的程序。
位于地底深处的黑之月也开始运作，大地剧烈震动，已近不属于地震的范畴，整个就是翻天覆地，大地引力变化，什么东西要冲出地面。
当然如果就这么完成第三次冲击，人类补完计划显然会失败，还有两个使徒没有消灭，它们不会让仪式顺利完成，人类进化所需的因子也不足，可以说，人类补完计划，就是抢夺使徒的进化成果，以此促进人类的进化。
色ele不会坐视不管，早早派出渚薰驾驶六号机，在第三新东京市上空待机，就是为了以防万一。只是事情的发展再次超脱了色ele的剧本，竟然同时出现两个使徒，nerv总部无法阻挡两个使徒，不得不让六号机加入战斗。
现在初号机觉醒，再次违背了色ele的剧本，第三次冲击即将爆发，让渚薰阻止第三次冲击……
如果以前，确实会听从命令，平静地接受自己的命运。如今渚薰的想法已经改变许多，
凭什么一定要人类完成补完？人类就真的优秀，真的算是成功的生命，注定是天地的主宰？
绝对不是，也许当初初始种族的想法本身就存在错误，人为影响生命的进化本身就是一个错误，初始种族也没说一定要人类获得最后的胜利，对于整个世界来说，怎么样都是无所谓的吧！比起那些，自己和自己在乎的人更加重要对吧！
nerv中央教条的废墟当中，碇源渡和冬月耕造艰难地爬出地面，正好目睹初号机的觉醒。
碇源渡希望初号机觉醒，并为此制定了详细的计划，就连他的儿子碇真嗣也只不过当做棋子看待。现在初号机觉醒了，但是似乎与他的计划并不同，他此时也不清楚具体状况。
碇源渡终究只是人类，什么总司令之类的头衔，也不能让他什么都不依靠就飞上天，满是阴谋诡计的大脑，也不会增加他一点体力。智慧当然重要，但是许多问题并不是单靠智慧可以解决的，碇源渡有生以来再一次，深切感觉到身为人的无力。
趁着两个使徒来袭，所有eva忙于迎战无暇分身，兰斯大肆破坏nerv的基础设施，以至于，整个基地百分之九十以上的机能失效。
兰斯冲进终极教条的时候，碇源渡也只能眼睁睁看着兰斯肆无忌惮，不对，他根本看不到，因为停电，他被困在电梯里，想要成神的男人，豪言即使是神的意志也不能阻挡，竟然被困在小小的电梯里……怨念！
沿着紧急逃生的坑道，爬出来的时候，碇源渡和冬月耕造都是灰头土脸，几次差点摔死，应了祸害遗千年那句话，老碇凭借坚强的意志，终于活下来，成神什么的……先喘口气再说。
果然还是要成为神！松了一口气的老碇，再次坚定信念，并且思索眼前的局面的状况，以及怎么利用。
初号机觉醒期间，渚薰已经夺回卡西乌斯之枪，战斗力暴涨，三下五除二将第十使徒的生命之果穿透，只是这颗生命之果原本是四号机的，第十使徒依然活动，渚薰将其肢解，找到真正的核心彻底粉碎，才打败第十使徒。
“觉醒了吗？真嗣君，你没事？”
“薰君，这……是怎么回事？凌波，她……”
“侵蚀型使徒对她的精神，造成了一些影响，以至于潜藏在体内的莉莉丝的灵魂觉醒。”渚薰解释凌波丽变化的缘由，“浅层意识沉睡，完全的莉莉丝的灵魂，不带杂质，这倒是省了许多麻烦。”
“莉莉丝……那……现在……”真嗣从兰斯口中知道人类补完计划，自然知道莉莉丝是什么，具体的灵魂之类的，他可搞不明白，外界世界末日一般的景象，已让他心慌意乱。
“没错，现在就是第三次冲击的前兆，不过，这一切可不在老人们的剧本中。老人们要我阻止第三次冲击，不过，在做决定之前，我想问问莉莉丝的看法，不过，这个过程需要一些世间，现在情况可不太妙。”
情况确实不太妙，远方升起许多道十字形的光柱，光焰烟尘之中，依稀可以看到一个个巨大的影子，轰隆隆地接近。
“那些是什么？eva？”真嗣分辨出那些巨人的形态与eva非常类似。
“进化之后的人类，因为是强行进化，形态并不完全，本能地想要回归莉莉丝，不是很强，但是数量太多。”
西南方向的天边，一只明亮巨大的的鸟形物体正在迅速接近，六对巨大的发光的翼翅，应该是第十一使徒。这还没完，距离第三新东京市不远的大海翻腾着，其中隐约可以看到一个巨型的生物，那是一个前端如同苞，后部又与章鱼类似，一条条红色光鞭一样的触手，身体四周是水母一般的发光裙带一般的奇异使徒，第十二使徒。
两个使徒同时来袭，在这种关键时刻，它们不再遵守之前的规则，目的就是争夺生存的权利、进化的权利，为此，当然要打断人类补完的仪式，消灭阻碍它们的一切。
“哎呀，这下可真热闹了，这些算不算我搞出来的？哎……嗨，渚薰，你这机体就是人造的神，造型差了点。”兰斯缓缓从地下升起，见到渚薰，打了个招呼。
兰斯还是那么随意，渚薰失笑，道：“老人们称之为真正的eva，人造的神，也不过是完成他们计划的工具而已，不过，现在可不是说这些的时候，兰斯君，可以帮个忙吗？”
“说吧，只要在我能力范围内。”兰斯可不会大包大揽。
“请你帮忙挡一下，争取一些时间，我和莉莉丝谈谈。”渚薰请求道。
兰斯感知了一下，扫描系统看了看，也有些吃惊，道：“都一起来了？这么离谱……不过，应该没有关系，我现在可是实力暴涨！”书记系统显示无论是使徒、巨人都有解析价值，要他采样。
随着世界解析的进度兰斯的力量增强，零界战衣、黑杀剑解锁进度达到百分之八十以上，小宇宙、巨人化、妖气完全解锁，已经临近最强状态，几乎可以打爆一切的力量之前，巨人使徒什么的，一切都是渣！
“那么拜托你了！”
渚薰飘出了六号机，浑身白光，同时，在初号机的前方出现一个透着白光的凌波丽，渚薰与凌波丽就这么对视，没有话语，两人周身的光，光谱不断变化，以一种特有的方式交流。
兰斯开始使徒化，背上一对光翼冲天而起，头顶也出现一道明亮的光圈，与使徒、eva的光圈不同，他的光圈是银色，月光一般柔和。
那个鸟形的第十一使徒已经接近，这个使徒具有相当特殊的能力，确实难以对付，如果是一般人的话——侵蚀精神，就是鸟形使徒的能力，洒下可以侵蚀精神的光辉，那边二号机中的明日香受到影响，传出她的惨叫声。
“不要，不要进去……不要进到里面……”翻译成日语“雅蠛蝶……雅蠛蝶呀……”相当容易让人引起误会的尖叫声，当然，在这种世界末日一般的场景中，一般人不会想到乱七八糟的事情上去。
兰斯从来不算一个正常人，虽说面对那么多巨人，还有两个使徒，心里真没啥压力，一边准备战斗，兰斯忍不住仔细听了听，明日香叫得还有点带感，很有潜质！
三号机也受到侵蚀，里面的驾驶员，竟然在快乐地唱歌，如同幼儿园的小朋友表演节目，啦啦啦地胡乱哼着，听着有些傻，三号机的驾驶员应该是一个非常乐观的孩子，这种时候都能保持愉快的情绪，一般人可做不到。
鸟形使徒也试图侵蚀兰斯的精神，可能有用吗？兰斯的精神对于使徒来说完全不是一个层次，它只能感觉到一片空荡荡的。
同时，兰斯已经想到针对鸟形使徒的作战方式，鸟型使徒就那么悬在半空不动，简直是送上门的活靶子，扫描系统启动，瞄准鸟形使徒核心，双肩的蓝色晶体变换形态。
雷米变换形态，远程狙击模式，雷米光炮准备完成……小宇宙燃烧，星河雷光就绪，星河雷光合并雷米狙击光炮——这招就叫——去死吧，傻鸟！一声霹雳声，一道闪动电光的金色光炮，撕开大气，空气中凭空生出无数电蛇。
毫无悬念，光炮瞬间穿透at力场，直接穿透使徒的核心，鸟形使徒发出一声怪异的尖叫，三对光翼迅速收缩，然后整个爆开，第十一使徒消灭，金色光炮并未消失，直接射出大气层没在宇宙中划过一道光线。
第十二使徒也已经抵达，似乎也能感知兰斯的强大，也并未表现什么特殊的攻击能力，只是迅速接近，它的目标竟然是三号机，一下扑上三号机，三号机的插入栓弹出，第十二使徒苞一样的前端忽然张开，可以见到四壁都是密密麻麻的利齿，看起来特别渗人，中央伸出数条变色龙舌头一样触须，一下就将三号机卷住拉了进去，苞合拢。
兰斯手一晃，隆基努斯之枪出现在手中，高高跃起，极其尖细的叉子一样的前端，一下便从中部插入，将第十二使徒穿成一个串烧，烤章鱼似的，三号机给吐了出来，不过，它那些光鞭一样的触须不断抽打，兰斯想找到第十二使徒的生命之果，结果发现没有生命之果。
高高举起隆基努斯之枪，双肩的晶体喷射火焰似地射出两道宽大的光柱，第十二使徒成了一只名副其实的烤章鱼，不过，可能焦了一点。
第十二使徒就这么简单的死了？兰斯觉得有点不对，忽然，他感觉三号机有些异常，仔细一观察。
原来，第十二使徒与第十使徒同样是寄生型，不过有些不同，地十二使徒类似于异形，可以在敌人体内产卵，此时，它已经迅速增殖，三号机整个如同麻一样扭曲，伴随着不断增强的at力场。
兰斯自然不会等着它完成增殖，连续轰出几炮，将三号机轰出几个窟窿，随后，只见一截截两头闪动红光的黑色电缆一般的东西涌出，成百上千条扭成一条粗大的绳索，在空中灵活地飞舞扭曲。
兰斯以光炮轰击，竟然没用，这家伙全身都是核心，可以说本身就是一个生命之果，轰碎它的一部分，很快又增殖出更多的。
兰斯想用隆基努斯之枪将第十二使徒插爆，这家伙太滑溜，而且还能分裂，兰斯隆基努斯之枪扎下，它散开成小股小股，一条条小蛇一样，滑向那些逼近的巨人。
那些巨人只是人类强行进化而成，此时的进化并不完全，形态上类似于eva，但却没有eva那样强的力量。
此时，第十二使徒的分体钻入这些巨人的体内，融合在瞬间完成，巨人们胸口都生出一颗小小的生命之果，眼中顿时红光闪耀，咆哮着，直扑兰斯。
“不要以为这样就拿你没辙啊！离子闪电光速拳！”第十二使徒的能力真有些恶心，不过，兰斯一点也不怕，挥出一记对付打量敌人的绝招。。
圣斗士世界中，艾奥里亚可以在一秒钟挥动一亿次拳头，由于不同的世界、世界密度之类的关系，兰斯自然不可能一秒挥动一亿次，不过，几千上万拳之类的还是没问题的……
闪电离子光速拳，数千的巨人，一下给轰爆生命之果，四分五裂，不过，远方有更多的巨人源源不断地赶来，同时，地十二使徒在其他巨人体内增殖，想要再转移到其他巨人体内。
如果让第十二使徒控制所有巨人，那可是几百万、乃至上千万，战斗可就没完没了了……略微沉思，兰斯飞上半空，实体化的at力场，构成一个巨型的罩子倒扣而下，将那些巨人和地十二使徒罩住，让他们无处可逃。
星河雷光——爆！
一拳轰出，数千巨人爆开，无数红色液体流淌，整个罩子都染成了血红色，就在血色之中，地十二使徒依然存活，此刻的形态再次变化，那是一个巨大的血红色胎儿模样，还伴随着婴孩的啼哭声。
怎么解决这个家伙？兰斯正苦恼，雷米传来一个念头，吃掉？
对于这么一个怪东西，兰斯可不怎么吃得下口，但是，也没有太多时间考虑，使徒化躯体的面甲打开，张嘴一吸，十二使徒那巨大的婴儿形态迅速缩小，直到聚合成一颗生命之果，兰斯一口吞下……味道竟然真的不错，吞了一个热布丁下去似的。
接下来，兰斯就是应付那些巨人，让他们不要冲过来，不过，依然许多进入地下，前往莉莉丝本体的所在。
“好了，接下来就看莉莉丝的决定。”
渚薰的声音传来，他终于完成与莉莉丝的沟通，凌波丽消失不见，渚薰回归六号机，手持卡西乌斯之枪，注视着初号机。
“你都跟她说了些什么？”兰斯问道，那些巨人对他毫无压力，边打边聊。
“只是让莉莉丝考虑一下，人类这种生命形态是否真有补完的必要、以及资格。”
渚薰如此回答，大略意思确实是这个，当然，实际上要复杂得多，色ele那些老人所期望的世界太过理想化，所有人类的精神融为一体，人类能够相互理解了，就能够和平共处了吗？不能，思想上的矛盾依然会存在，如同一个人也会出现各种精神上的矛盾，疾病，走向自毁也不少见，即使获得新的生命形态，同样如此。
无论人类将进化方向引向何方，只会留下人类这种单一的生命，世界都是多样的，生命也应该是多样的，单一的生命形态，不可能真正适应所有情况，每种生命都应该有它存身之所。
渚薰学习了小宇宙的力量后，也感悟到一点，无论什么样的生命，也只不过是宇宙的一部分，都是宇宙的一部分，形态重要吗？
真的存在终极、真的存在完美？如果是终极、如果是完美，没有了更进一步的能力，万物相生相克，才是宇宙的真理，追求单一的完美，本身就是一个错误。
渚薰得出的结论是，补完已经没有必要，那么，莉莉丝会得出什么样的结论？
初号机停止了神化状态，光翼收拢落地，guf之门关闭，不过，初号机整体包裹在一圈白色的光芒中。
初号机一动不动，兰斯不禁问道：“莉莉丝在干嘛？”
“应该是在观察人类吧，莉莉丝的灵魂与我不同，她的一些碎片潜藏于人类本身的意识中，为了做出决定，她需要对于人类的正确的认知。”
初号机停止神化状态，第三次冲击没能完成，但是，第三次冲击造成的影响依然继续。
此时在nerv总部的中心位置，缓缓升起一座完全不符合建筑力学的建筑物，一根数十米粗细的石柱，直冲数千米高空，顶起一个巨型的倒金字塔型的平台，一根麦秆顶起了一个西瓜，最顶端也就是倒金字塔的顶部，平台上耸立一些方尖塔，如同一个古代的祭坛。
“人类修筑的成为神的祭坛——通天塔，人类的野心不小，看来有人打算完全抛开莉莉丝，让自己成为神呢。”兰斯与初号机内的真嗣正因这个突然出现的建筑疑惑，渚薰给出了一个让两人吃惊的答案。
渚薰知道人类的野心，莉莉丝自然也知道，能够潜入人心的她，更加了解人类的真实想法，对于那些人类来说，只是在一瞬间看到自己最爱的人一般。
人类的其他一些行为、想法，莉莉丝也都全部了解，沉睡无数年的她，不得不考虑一个问题，作为她后裔的人类，这样的生命究竟是成功还是失败？真的得到生命之果，成为完美的生命？
作为智慧之树的本我意识，她比亚当具备更高的判断能力，得到的答案比渚薰更加明确，得出答案是：不会！
拥有智慧，同时也因为智慧产生种种愚蠢的情绪、想法、自以为是、狂妄自大，人类无疑是一个极其危险的种族。得到生命之果的人类，他们只会成为一群害虫，将大地、将宇宙都摧毁殆尽，也将自身引向毁灭。
为了自身的进化以及一些私心，甚至想干掉莉莉丝本身，莉莉丝与亚当一样，散布生命种子，是为了本身生命形态的进化，可不是专门跑来为人类服务的，助人为乐的。
莉莉丝的本体可以说就是一个生物电脑，按照程序行事，不过，如同所有电脑一般，程序可不止一套，此刻，在本体受到繁衍的智慧生命判定为失败品、本身受到威胁的情况下，另一套程序启动。
嗷吼——！
初号机发出咆哮，再次飞上半空，光翼再次张开，不过与上一次不同，反at力场与光翼都呈现一种暗红色的状态，远远看去，黑色的羽翼一般，初号机的头顶出现的guf之门，除了一圈圈红色的光圈外，还有一圈圈燃烧的火焰，一种相当特殊的红色火焰。
“又是什么状况？”兰斯随手轰爆几十个巨人，正要扑下去，只见附近的巨人自己爆开，化作橙汁一般的液体。
“莉莉丝到底得出了什么结论，竟然启动了这个程序？！”渚薰有些惊愕地道，莉莉丝启动的是——生命灭绝程序。
同一时间，地底的莉莉丝本体同时释放出反at力场，那些想要回归莉莉丝的巨人，全部液化，依然是回归莉莉丝，但是，在那黑色的光翼和火焰的灼烧中，人类的精神开始消散。
“那是净化世界的业火，神已经抛弃了吾等。”
nerv总部的一切都落在色ele的眼中，老人们拥有智慧之果，自然清楚这样的变化意味着什么，莉莉丝这是要灭绝人类！
“人类补完计划……失败……”
“神的怒火将将人类燃烧殆尽。”
“我们无力阻止，一切将归于毁灭。”
“世界依然会留存，等待下一个轮回。”
“不过，我们并非只能坐以待毙！”
“就算死亡，人类也可以自己选择方式。”
“不需要没有人类的世界。”
“不属于人类的世界没有存在的必要。”
“那么，就一起前往永恒的死亡吧！”
随着这些在世界的某个隐秘处的声音，一个个蘑菇云腾起，一座座城市毁灭，在光与火中燃烧殆尽，无数生命消逝，大地开裂，山岳崩塌、江河断流，千米高的红色海浪席卷天地……
莉莉丝抛弃人类，执行灭绝程序，人类补完计划无法进行，色ele的老人们干脆炸毁地球，让人类以自己的方式死去，而不是神的赐予。
巨大而连续的爆炸终于对整个地球造成影响、火山爆发，地下岩浆涌出，在这么下去，地球似乎要回到数十亿年前刚成型时候的形态，数十亿年生命进化，塑造自然的成果，因为人类的一己之私，眼看即将毁于一旦。
本来人类补完计划只是榨一锅橙汁，现在倒好，橙汁变成火锅大杂烩，而且火锅打倒在了炭火上面，眼看就要全部蒸发，整个地球成为桑拿房。
“人类还真是疯狂啊，我有些明白莉莉丝为何会启动这个程序了！”
因为nerv的存在，周边没有埋设毁灭装置，但是依然可以感受得到，地球的巨变，第三新东京市外一个千米高的海浪正缓缓逼近，如此场景，渚薰都有些错愕。
“呃……这就是末世的景象？说真的，还真壮观！地球不会整个爆掉吧？”
这种时候还能有心情说这些的，东张西望观赏末日景色，并说几句事不关己的风凉话的，也只有兰斯。不过，作为朋友，渚薰、真嗣今后怎么办？
兰斯正想着，忽然，周围的一切停滞，在天空的极高处，出现一个漩涡，金色的光辉洒下，初号机再次落下，停止了灭绝程序，望向天空。
“有什么降临了？！这是小宇宙？不对，简直就是宇宙！”渚薰惊愕无比。
一道光柱直落兰斯的身侧，几个人影以看似缓慢，其实极快的速度落下，光柱消失，一个身穿古朴铠甲，分不清男女的小孩子出现在兰斯面前，行礼道：“吾父。”
“哦，原来是卡俄斯啊，看来世界通道已经开启。”兰斯一见，抱过卡俄斯，再看其他人却是阿释密达和雅柏菲卡两人，都是身披暗金黄金圣衣，兰斯有点小小失望。
“真是一个悲惨的世界，我听到无数灵魂的哀嚎……”阿释密达感叹道，他如今负责照料卡俄斯，即使成神，双目重见光明，依然喜欢闭着双目。
“这种世界毁灭的景象，看来，这个世界并非安乐之所。”
雅柏菲卡观察了一番，有些失望，他跟着卡俄斯前来，完全是因为给阿布罗狄烦得不行，阿布罗狄声称爱是没有界线的，即使到巨人世界、大剑世界也追着他不放，雅柏菲卡是一个心理正常的男子（他自认为的），为了清静一段时间，只能跟随到这个新世界，希望避一段时间，结果，刚一出来就看到一片末世的景象。
“卡俄斯你过来玩的？”兰斯问道。
“我来看看能否接管这个新世界。”卡俄斯回答，直接通过精神与兰斯沟通。
“还能接管世界？那么这个世界可以吗？”
“这个世界并无自我意识，我可以接管，请吾父允许。”
“你想怎么做就怎么做吧，洛亚他们在干什么？”
“吾兄正在整理世界。”
“整理世界？”
“吾兄接管的几个世界连接，一些法则变化，需要及时调整，以迅速稳定世界。”
“迪妮莎、克蕾雅、三笠，他们呢？”
“她们应该正在冲击人神界线。”
兰斯点点头，不再多说，问道：“这个星球即将毁灭，你有办法恢复吗？”
“吾父希望恢复到什么程度？”卡俄斯问道。
“有哪些方案？”
卡俄斯将所有方案传给兰斯，最复杂的，直接开辟一个平行宇宙，那要等卡俄斯完全接管这个世界，并且消耗许多力量。一般的，将时间回流，可以恢复到第三次冲击前的状态，越往前所需的能量越多，并且还是要等一段时间，卡俄斯掌控这个世界的时间长河再说。最简单的，就是将地球的伤痕抹平，修补一下完事。
“不用那么麻烦，一般般就行，先把现在的状况稳定下来。”兰斯可没那么高的要求，对他来说，抹平就足够了，这一切也不是他造成的，大概吧。