第六十四章收复新疆
两个协调的力量，可以分十个人的力量。
——赫哲族谚语
河州城东门外的大夏河畔有一个民族杂居的村庄。村里有两支大家族。一个是回回人杨家。另一个是撒尔塔人妥家。因此，人们就把这个村庄叫做杨妥家。
1788年，妥家生下了一个男婴。父母给他取名叫作达乌德·穆萨，汉名为妥明，字德璘。
妥德璘长大以后加入了回教虎非耶门宦。1812年前后，他从甘肃来到西域，创办了虎非耶门宦吐鲁番东道堂，担任兰巴尼教团叶尔羌分支的教务代理人。
大清王朝时期，西域又叫做回疆。
1697年，清军击败了盘踞在西域的蒙古准噶尔部，控制了回疆的东部。雍正时期，西域和云南、四川、贵州等新纳入大清王朝统治之下的地区统称为新疆六厅。
那里的维吾尔人头上缠着白布做成的“泰斯达尔”，因此被汉人称为缠回。
回疆也有不少说汉语的回回人。他们或者是来到回疆经商和传教的回回人的后代，或者是更早大元时期屯田士兵延续的血脉。
1592年,西宁回回人努尔从麦加学习归来，率领800多名教徒来到哈密传教,最后在这里无常。1755年，清军平定准噶尔叛乱后在乌鲁木齐地区修筑城堡，从陕甘各地调兵并鼓励携家带口进疆屯垦耕作。仅河州一次就有500户回回人举家迁移迪化。1765年前后，宁夏府的海原、西吉一带遭遇水灾，2个村庄250多回回人迁居到迪化。他们居住的地方取名为宁夏湾。
雍正和乾隆推行歧视和压迫回回人的政策，以屯垦实边为名,将陕甘两省的回回人集体迁徙到回疆。不少来到这里经商的回回人久留不归，成为回疆的居民。
19世纪60年代,北疆许多县城的居民大多数是回回人。当时的行政中心迪化城里的回回人比汉人和满人还要多。伊犁河谷的回回人则更多了。大多数的客店和饭馆掌握在回回人的手里。
乾隆在回疆实行以伯克制为主、札萨克制和郡县制为辅的一区三制。伯克是突厥语长官的意思，身兼政权神权。乾隆根据回疆的民族特点，任命阿克苏的阿奇木伯克为三品官，伊沙噶伯克为四品官，并且陆续推广到其他地区；废除了伯克的世袭制，改为朝廷任命维吾尔宗教贵族子弟担任；将准格尔汗国的十税五改为十税一，减轻了维族农民的负担；由伊犁将军府负责回疆的防务；把地方的治理权交到本地人担任的伯克手上。
1863+1年5月，南疆库车县的维吾尔、回回人和汉人农民因为无力交纳粮赋，被官府押到渭干河旁的水利工地上服徭役。许多人冻饿、劳累、鞭挞致死。
在太平天国和陕甘回回起义的影响下，饥寒交迫农民忍无可忍，在托乎提·尼牙孜哈里等人的率领下爆发了规模空前的反清大起义，杀死两名官吏和15名伯克，随后向库车县城进发。
附近的回回人杨春、马三保、马隆等人随即响应起事。6月6日攻入库车城内，杀死朝廷驻库车办事大臣萨灵阿、阿奇木伯克库尔班等，拥立库车的大巴依（即地主）加拉里丁·热西丁为和卓，建立了起义政权。
人在迪化的妥德璘看到全国各地爆发了起义，便联络迪化的回回清军参将索焕章图谋起事。
他们利用迪化的清兵都去南疆镇压库车起义的时机，在迪化的汉城南关发动了武装起义，进而围攻巩宁城(即满城)。妥德璘自立为清真王，在迪化的南面修筑了王城。
妥德璘封索焕章为元帅，由于索焕章的立场不坚定，不久又把他贬到吐鲁番去了，另外任用马升为总元帅，马泰、马仲、马明、马官都是大元帅。
迪化起义军势力最大的时候向东发展到哈密，向西发展到乌苏，向南发展到吐鲁番，向北同清军争夺塔尔巴哈台(今天新疆的塔城市)。
起义的烽火迅速燃遍了天山南北。短短几个月内，库尔勒、迪化、昌吉、喀什噶尔、和阗、哈密、塔城、伊犁等地相继举行起义，沉重地打击了大清王朝在回疆的统治。
伊犁和塔城的起义群众在进行反清斗争的同时，还与沙俄的侵略进行了坚决的斗争，为捍卫国家的主权和领土完整做出了贡献。
回疆除了惠远城（今天的霍城县）、惠宁城（今天的伊宁县）、喀什噶尔汉城、英吉沙汉城等还有清军困守，其余的全部落入了起义军政权的手中。
封建贵族和教主很快篡夺了起义的领导权。他们在库车、和阗、喀什、吐鲁番等地先后建立了地方割据政权，互相之间开始混战，屠杀其他民族，为外敌入侵提供了绝佳的时机和条件。
穆罕默德·雅霍甫脱颖而出。
1820年，穆罕默德·雅霍甫出生在花剌子模帝国故地浩罕汗国塔什干附近的皮斯坎提。他的父亲是乡里念经治病神职人员，很早就跟雅霍甫的母亲离异了。母亲带着年幼的雅霍甫改嫁给一个屠夫。数年之后，母亲又去世了。10岁穆罕默德·雅霍甫被屠夫赶出家门，成为流落在塔什干街头的孤儿。他长得十分俊俏，被奸商培养成为同郑和一样的秀童，送给了汗王的侍从官卡希卡。
1842年，布哈拉汗国占领了浩罕汗国。全国陷入一片的混乱。当时，担任浩罕城的阿奇木伯克（管理宗教事务的最高官员）卡希卡在角逐汗位的斗争中丢掉了性命。
已经长大成人的穆罕默德·雅霍甫被迫回到了家乡，投奔塔什干的官员库什，将自己美丽的妹妹献给了库什。他因此赢得了五百夫长的职位，负责镇压塔什干附近起义的哈萨克人。
穆罕默德·雅霍甫骁勇善战，屡立战功。
1860年左右，穆罕默德·雅霍甫晋升为阿克麦吉特(今哈萨克斯坦克孜勒奧尔达)市的官员，成为一方诸侯。人们尊称他为雅霍甫伯克（即雅霍甫大人）。大清的官员按照耳音错翻成了汉文的阿古柏。
占据喀什噶尔旧城的柯尔克孜人司迪尔自立为帕夏（即总督）。他为了树立自己的威信，决定派手下的回回人金相印到浩罕汗国去，把被乾隆杀掉的大和卓波罗尼都的第四代孙子、张格尔的儿子、号称圣裔的布苏鲁克迎归回疆作为和卓，计划把他当作傀儡。
浩罕汗国是乌兹别克人和塔吉克人于1710年在费尔干纳盆地建立的封建小国。1760年，浩罕汗国成为大清的藩属国。1822——1842年，汗国进入鼎盛时期，多次支持大和卓之孙张格尔入疆叛乱。
浩罕汗国对回疆垂涎已久，终于盼到插手干预回疆的机会。
1865年的春天，受浩罕汗国的汗王的指派，阿古柏将军率领50名骑兵护送布苏鲁克，来到了喀什噶尔的回城。
布苏鲁克和阿古柏一到喀什噶尔便发动了兵变，将司迪尔赶出了回城。
恼羞成怒的司迪尔率领7000多的柯尔克孜兵袭击喀什噶尔。
阿古柏仅率领100名骑兵夜袭敌军，轻松地击溃了司迪尔，显露出超群的军事指挥能力。
阿古柏接收了司迪尔的军队，组建了一支数千人的军队。他带领自己的军队攻克了英吉沙县，将司迪尔的残部彻底赶出了回疆。
4月，在阿古柏的大力扶持下，布苏鲁克建立了哲德沙尔汗国（即七城汗国），表明他意图统治喀什、英吉沙、叶尔羌、和阗、阿克苏、库车和乌什七大城池的野心。
阿古柏及时调整战略的重点，进攻围困了13个月的喀什噶尔汉城（今天的疏勒县）。
9月1日，清军守备何步云开城投降。喀什噶尔办事大臣奎英和协办大臣福珠凌阿带领全家自杀殉国。
阿古柏在汉城中大肆奸淫掳掠，屠杀了数万的满人和汉人。
浩罕汗国被俄国支持的布哈拉汗国再次打败。汗王的近侍官玉努斯江带领7000多浩罕残军，跑到喀什噶尔投奔同族的阿古柏。
阿古柏得到这支军队以后实力大增。
1866年12月，阿古柏攻克和阗，大肆屠杀反抗的市民。
从此，回疆的民众恨透了浩罕人，喊出了“杀尽安集延人”的口号。安集延是浩罕汗国边境上的贸易城市。回疆的老百姓以安集延人代指浩罕人。
大和卓布苏鲁克不甘心做阿古柏的傀儡，在喀什噶尔发动了兵变。
阿古柏很快把不听话的布苏鲁克赶下了宝座，打发他到遥远的阿拉伯半岛朝圣去了，推举布苏鲁克的堂兄买买提明即位。
不料，买买提明也不甘心做阿古柏的傀儡。
随着不断取得胜利，阿古柏认为不需要再用傀儡做遮羞布了，暗中下药毒死了买买提明，索性自己走到了政治的前台。
1867年5月，阿古柏宣布取消哲德沙尔汗国，建立洪福汗国，自封为洪福汗国的国王。
7月，阿古柏征服了南疆最后一个也是最强的对手库车的和卓热西丁。在不到两年的时间里，阿古柏经过不懈的努力和反复的争夺，终于统一了南疆的广大地区。
1870年5月，阿古柏获得了英国和俄国大批的先进装备，进一步向东疆侵犯，遭到了回回起义军的有力打击。
阿古柏率领军队再次反扑，在吐鲁番打败了起义军，又在迪化的城南再次击败了起义军，切断了北疆和河西走廊的联系，收降了白彦虎的陕甘起义军，实力进一步得到增强。
阿古柏带领凶悍的军队兵临迪化城下，要求妥德璘答应取消清真王的称号，接受自己的节制。如果满足以上条件，他可以考虑退兵。
困在迪化城里起义领袖妥德璘只好暂时答应了阿古柏的要求，等到阿古柏的主力部队撤走以后趁机又摆脱了他的控制。
1871年，阿古柏再次进攻迪化，占领妥德璘的皇城，一跃成为了全回疆的总管。他对外则宣称，暂时代大清帝国看管国土。
妥德璘带领起义军退据玛纳斯，与当地的汉人民团首领徐学功联合反攻迪化，但是没有成功。
清军守在塔城、乌苏等少数几个据点里，不敢出来迎战。
英国、俄国和奥斯曼土耳其对回疆早就怀有不可告人的目的，于是争相拉拢阿古柏，企图在回疆争得好处和权利。
俄国早在1865年就承认了哲德沙尔汗国，以此换取在南疆的贸易利益。
阿古柏由于浩罕汗国被俄国消灭而耿耿于怀，因此和英国走得更近。
俄国担心阿古柏和英国吞食了回疆。1871年7月，为了阻止他的扩张，俄国出兵占领了大清的伊犁，以此来震慑阿古柏。
阿古柏的确慌了神，不得不与俄国签订了《俄阿条约》。为了牵制俄国，他又与英国签订了《英阿条约》，使俄国在南疆的贸易特权全部丧失。
1873年，妥德璘在玛纳斯病故。迪化起义军犹如夏日里戈壁滩上落下的雨滴，瞬间消失了。
1875年，左宗棠以刘锦棠、金顺为先导，西征回疆反击阿古柏的侵略势力，打响了收复回疆的战斗。
董福祥的董字三营是土生土长的西北部队，不惧风沙，冲锋在前，大破天山的木垒河（今天的木垒县）和古牧地（今天的米泉市）。
1876年8月17日，清军一举收复了迪化。
守将白彦虎一路逃亡到南疆的门户吐鲁番。
左宗棠命令刘锦棠驻守迪化，金顺追击起义军。
金顺一路势如破竹，在玛纳斯的南城鏖战了三个月。刘锦棠、伊犁将军荣全先后增援，使用新式后膛开花大炮猛击起义军。双方死伤惨重。
起义军的将领或被击毙，或自杀，或被俘。剩下投降的千余士兵全部被金顺杀害了。
清兵从妥德璘的拱北（即坟墓）中挖出他的尸体，挥起战刀就是一顿乱戮，发泄心中的愤怒和憎恨。
阿古柏失去了北疆的所有领土。
1877年4月，左宗棠指挥清军三路并进。
第一路刘锦棠从迪化南下攻击达坂城；第二路张曜从哈密向西进发；第三路徐占彪从巴里坤出发，到迪化东面的盐池与张曜会师，联合攻打吐鲁番。
刘锦棠连克达坂城和托克逊。阿古柏的次子海古拉弃城逃跑。
第二路张耀和第三路徐占彪会师后合围吐鲁番。吐鲁番守将白彦虎被迫南逃。
5月，阿古柏在喀喇沙尔集结嫡系浩罕兵马，准备和左宗棠决一死战。结果，左宗棠还没来到，阿古柏却在29日突然神秘地死亡了。
海古拉让白彦虎防守喀喇沙尔，自己携带父亲的尸体向西部撤退。
白彦虎被左宗棠打得走投无路，也往喀什噶尔方向逃去。
海古拉的侄子伯克·胡里在库车杀死了他，然后在喀什噶尔继承了爷爷阿古柏的王位。
这时，英国应阿古柏的求救才回应大清朝廷，要求左宗棠停止进攻，让伯克·胡里继续在喀什噶尔称王。
左宗棠愤怒地回应道：“英国想让浩罕人称王，可以在自己的国土上划出一块，凭什么要用大清的国土？”
他立即下令刘锦棠进军南疆。
10月，刘锦棠奔袭2000里，收复了南疆东部的四城喀喇沙尔、库车、阿克苏和乌什。
12月中下旬，刘锦棠攻克喀什噶尔。白彦虎逃入俄国境内。
次年一月，刘锦棠光复和阗。
至此，阿古柏建立的洪福汗国彻底覆灭了。除了被俄国占领的伊犁之外，清军收复了被阿古柏占领长达12年的回疆广大地区。
被俄国占据的伊犁是左宗棠背上的一根刺。
伊犁河谷地处北疆，是回疆进出中亚的重要门户。沙俄只要占据伊犁，入侵回疆易如反掌。
大清朝廷派遣曾国藩的儿子曾纪泽与俄国谈判。
俄国当时正在与土耳其进行第10次俄土战争，无暇东顾，被迫做了一些退让。
1881年2月，大清终于收回了伊犁。
1884年，大清正式设置了新疆省。兵部尚书刘锦棠任新疆省的第一任巡抚，接受陕甘总督的节制。
刘锦棠随即实行改土归流。他废除伯克制度，把新疆分为三个道，由朝廷派遣流官治理；仍然保留伯克的头衔，但是权利和级别大大下降；把伊犁将军府划归新疆巡抚管辖，而且只管伊犁和塔城的边防，不再总统全疆军务。实行移民实边，通过降低田租和发放贷款吸引内地的流民到新疆屯田垦荒。
左宗棠为了解决战争中的后勤问题，邀请了大批天津的商人随军进行买卖，俗称赶大营。
赶大营不仅为新疆带来了几千人的天津商贩，改变了过去由回回人掌控新疆商业的社会形态，而且也丰富了新疆汉人的人口成分。
两个协调的力量，可以分十个人的力量。
——赫哲族谚语
河州城东门外的大夏河畔有一个民族杂居的村庄。村里有两支大家族。一个是回回人杨家。另一个是撒尔塔人妥家。因此，人们就把这个村庄叫做杨妥家。
1788年，妥家生下了一个男婴。父母给他取名叫作达乌德·穆萨，汉名为妥明，字德璘。
妥德璘长大以后加入了回教虎非耶门宦。1812年前后，他从甘肃来到西域，创办了虎非耶门宦吐鲁番东道堂，担任兰巴尼教团叶尔羌分支的教务代理人。
大清王朝时期，西域又叫做回疆。
1697年，清军击败了盘踞在西域的蒙古准噶尔部，控制了回疆的东部。雍正时期，西域和云南、四川、贵州等新纳入大清王朝统治之下的地区统称为新疆六厅。
那里的维吾尔人头上缠着白布做成的“泰斯达尔”，因此被汉人称为缠回。
回疆也有不少说汉语的回回人。他们或者是来到回疆经商和传教的回回人的后代，或者是更早大元时期屯田士兵延续的血脉。
1592年,西宁回回人努尔从麦加学习归来，率领800多名教徒来到哈密传教,最后在这里无常。1755年，清军平定准噶尔叛乱后在乌鲁木齐地区修筑城堡，从陕甘各地调兵并鼓励携家带口进疆屯垦耕作。仅河州一次就有500户回回人举家迁移迪化。1765年前后，宁夏府的海原、西吉一带遭遇水灾，2个村庄250多回回人迁居到迪化。他们居住的地方取名为宁夏湾。
雍正和乾隆推行歧视和压迫回回人的政策，以屯垦实边为名,将陕甘两省的回回人集体迁徙到回疆。不少来到这里经商的回回人久留不归，成为回疆的居民。
19世纪60年代,北疆许多县城的居民大多数是回回人。当时的行政中心迪化城里的回回人比汉人和满人还要多。伊犁河谷的回回人则更多了。大多数的客店和饭馆掌握在回回人的手里。
乾隆在回疆实行以伯克制为主、札萨克制和郡县制为辅的一区三制。伯克是突厥语长官的意思，身兼政权神权。乾隆根据回疆的民族特点，任命阿克苏的阿奇木伯克为三品官，伊沙噶伯克为四品官，并且陆续推广到其他地区；废除了伯克的世袭制，改为朝廷任命维吾尔宗教贵族子弟担任；将准格尔汗国的十税五改为十税一，减轻了维族农民的负担；由伊犁将军府负责回疆的防务；把地方的治理权交到本地人担任的伯克手上。
1863+1年5月，南疆库车县的维吾尔、回回人和汉人农民因为无力交纳粮赋，被官府押到渭干河旁的水利工地上服徭役。许多人冻饿、劳累、鞭挞致死。
在太平天国和陕甘回回起义的影响下，饥寒交迫农民忍无可忍，在托乎提·尼牙孜哈里等人的率领下爆发了规模空前的反清大起义，杀死两名官吏和15名伯克，随后向库车县城进发。
附近的回回人杨春、马三保、马隆等人随即响应起事。6月6日攻入库车城内，杀死朝廷驻库车办事大臣萨灵阿、阿奇木伯克库尔班等，拥立库车的大巴依（即地主）加拉里丁·热西丁为和卓，建立了起义政权。
人在迪化的妥德璘看到全国各地爆发了起义，便联络迪化的回回清军参将索焕章图谋起事。
他们利用迪化的清兵都去南疆镇压库车起义的时机，在迪化的汉城南关发动了武装起义，进而围攻巩宁城(即满城)。妥德璘自立为清真王，在迪化的南面修筑了王城。
妥德璘封索焕章为元帅，由于索焕章的立场不坚定，不久又把他贬到吐鲁番去了，另外任用马升为总元帅，马泰、马仲、马明、马官都是大元帅。
迪化起义军势力最大的时候向东发展到哈密，向西发展到乌苏，向南发展到吐鲁番，向北同清军争夺塔尔巴哈台(今天新疆的塔城市)。
起义的烽火迅速燃遍了天山南北。短短几个月内，库尔勒、迪化、昌吉、喀什噶尔、和阗、哈密、塔城、伊犁等地相继举行起义，沉重地打击了大清王朝在回疆的统治。
伊犁和塔城的起义群众在进行反清斗争的同时，还与沙俄的侵略进行了坚决的斗争，为捍卫国家的主权和领土完整做出了贡献。
回疆除了惠远城（今天的霍城县）、惠宁城（今天的伊宁县）、喀什噶尔汉城、英吉沙汉城等还有清军困守，其余的全部落入了起义军政权的手中。
封建贵族和教主很快篡夺了起义的领导权。他们在库车、和阗、喀什、吐鲁番等地先后建立了地方割据政权，互相之间开始混战，屠杀其他民族，为外敌入侵提供了绝佳的时机和条件。
穆罕默德·雅霍甫脱颖而出。
1820年，穆罕默德·雅霍甫出生在花剌子模帝国故地浩罕汗国塔什干附近的皮斯坎提。他的父亲是乡里念经治病神职人员，很早就跟雅霍甫的母亲离异了。母亲带着年幼的雅霍甫改嫁给一个屠夫。数年之后，母亲又去世了。10岁穆罕默德·雅霍甫被屠夫赶出家门，成为流落在塔什干街头的孤儿。他长得十分俊俏，被奸商培养成为同郑和一样的秀童，送给了汗王的侍从官卡希卡。
1842年，布哈拉汗国占领了浩罕汗国。全国陷入一片的混乱。当时，担任浩罕城的阿奇木伯克（管理宗教事务的最高官员）卡希卡在角逐汗位的斗争中丢掉了性命。
已经长大成人的穆罕默德·雅霍甫被迫回到了家乡，投奔塔什干的官员库什，将自己美丽的妹妹献给了库什。他因此赢得了五百夫长的职位，负责镇压塔什干附近起义的哈萨克人。
穆罕默德·雅霍甫骁勇善战，屡立战功。
1860年左右，穆罕默德·雅霍甫晋升为阿克麦吉特(今哈萨克斯坦克孜勒奧尔达)市的官员，成为一方诸侯。人们尊称他为雅霍甫伯克（即雅霍甫大人）。大清的官员按照耳音错翻成了汉文的阿古柏。
占据喀什噶尔旧城的柯尔克孜人司迪尔自立为帕夏（即总督）。他为了树立自己的威信，决定派手下的回回人金相印到浩罕汗国去，把被乾隆杀掉的大和卓波罗尼都的第四代孙子、张格尔的儿子、号称圣裔的布苏鲁克迎归回疆作为和卓，计划把他当作傀儡。
浩罕汗国是乌兹别克人和塔吉克人于1710年在费尔干纳盆地建立的封建小国。1760年，浩罕汗国成为大清的藩属国。1822——1842年，汗国进入鼎盛时期，多次支持大和卓之孙张格尔入疆叛乱。
浩罕汗国对回疆垂涎已久，终于盼到插手干预回疆的机会。
1865年的春天，受浩罕汗国的汗王的指派，阿古柏将军率领50名骑兵护送布苏鲁克，来到了喀什噶尔的回城。
布苏鲁克和阿古柏一到喀什噶尔便发动了兵变，将司迪尔赶出了回城。
恼羞成怒的司迪尔率领7000多的柯尔克孜兵袭击喀什噶尔。
阿古柏仅率领100名骑兵夜袭敌军，轻松地击溃了司迪尔，显露出超群的军事指挥能力。
阿古柏接收了司迪尔的军队，组建了一支数千人的军队。他带领自己的军队攻克了英吉沙县，将司迪尔的残部彻底赶出了回疆。
4月，在阿古柏的大力扶持下，布苏鲁克建立了哲德沙尔汗国（即七城汗国），表明他意图统治喀什、英吉沙、叶尔羌、和阗、阿克苏、库车和乌什七大城池的野心。
阿古柏及时调整战略的重点，进攻围困了13个月的喀什噶尔汉城（今天的疏勒县）。
9月1日，清军守备何步云开城投降。喀什噶尔办事大臣奎英和协办大臣福珠凌阿带领全家自杀殉国。
阿古柏在汉城中大肆奸淫掳掠，屠杀了数万的满人和汉人。
浩罕汗国被俄国支持的布哈拉汗国再次打败。汗王的近侍官玉努斯江带领7000多浩罕残军，跑到喀什噶尔投奔同族的阿古柏。
阿古柏得到这支军队以后实力大增。
1866年12月，阿古柏攻克和阗，大肆屠杀反抗的市民。
从此，回疆的民众恨透了浩罕人，喊出了“杀尽安集延人”的口号。安集延是浩罕汗国边境上的贸易城市。回疆的老百姓以安集延人代指浩罕人。
大和卓布苏鲁克不甘心做阿古柏的傀儡，在喀什噶尔发动了兵变。
阿古柏很快把不听话的布苏鲁克赶下了宝座，打发他到遥远的阿拉伯半岛朝圣去了，推举布苏鲁克的堂兄买买提明即位。
不料，买买提明也不甘心做阿古柏的傀儡。
随着不断取得胜利，阿古柏认为不需要再用傀儡做遮羞布了，暗中下药毒死了买买提明，索性自己走到了政治的前台。
1867年5月，阿古柏宣布取消哲德沙尔汗国，建立洪福汗国，自封为洪福汗国的国王。
7月，阿古柏征服了南疆最后一个也是最强的对手库车的和卓热西丁。在不到两年的时间里，阿古柏经过不懈的努力和反复的争夺，终于统一了南疆的广大地区。
1870年5月，阿古柏获得了英国和俄国大批的先进装备，进一步向东疆侵犯，遭到了回回起义军的有力打击。
阿古柏率领军队再次反扑，在吐鲁番打败了起义军，又在迪化的城南再次击败了起义军，切断了北疆和河西走廊的联系，收降了白彦虎的陕甘起义军，实力进一步得到增强。
阿古柏带领凶悍的军队兵临迪化城下，要求妥德璘答应取消清真王的称号，接受自己的节制。如果满足以上条件，他可以考虑退兵。
困在迪化城里起义领袖妥德璘只好暂时答应了阿古柏的要求，等到阿古柏的主力部队撤走以后趁机又摆脱了他的控制。
1871年，阿古柏再次进攻迪化，占领妥德璘的皇城，一跃成为了全回疆的总管。他对外则宣称，暂时代大清帝国看管国土。
妥德璘带领起义军退据玛纳斯，与当地的汉人民团首领徐学功联合反攻迪化，但是没有成功。
清军守在塔城、乌苏等少数几个据点里，不敢出来迎战。
英国、俄国和奥斯曼土耳其对回疆早就怀有不可告人的目的，于是争相拉拢阿古柏，企图在回疆争得好处和权利。
俄国早在1865年就承认了哲德沙尔汗国，以此换取在南疆的贸易利益。
阿古柏由于浩罕汗国被俄国消灭而耿耿于怀，因此和英国走得更近。
俄国担心阿古柏和英国吞食了回疆。1871年7月，为了阻止他的扩张，俄国出兵占领了大清的伊犁，以此来震慑阿古柏。
阿古柏的确慌了神，不得不与俄国签订了《俄阿条约》。为了牵制俄国，他又与英国签订了《英阿条约》，使俄国在南疆的贸易特权全部丧失。
1873年，妥德璘在玛纳斯病故。迪化起义军犹如夏日里戈壁滩上落下的雨滴，瞬间消失了。
1875年，左宗棠以刘锦棠、金顺为先导，西征回疆反击阿古柏的侵略势力，打响了收复回疆的战斗。
董福祥的董字三营是土生土长的西北部队，不惧风沙，冲锋在前，大破天山的木垒河（今天的木垒县）和古牧地（今天的米泉市）。
1876年8月17日，清军一举收复了迪化。
守将白彦虎一路逃亡到南疆的门户吐鲁番。
左宗棠命令刘锦棠驻守迪化，金顺追击起义军。
金顺一路势如破竹，在玛纳斯的南城鏖战了三个月。刘锦棠、伊犁将军荣全先后增援，使用新式后膛开花大炮猛击起义军。双方死伤惨重。
起义军的将领或被击毙，或自杀，或被俘。剩下投降的千余士兵全部被金顺杀害了。
清兵从妥德璘的拱北（即坟墓）中挖出他的尸体，挥起战刀就是一顿乱戮，发泄心中的愤怒和憎恨。
阿古柏失去了北疆的所有领土。
1877年4月，左宗棠指挥清军三路并进。
第一路刘锦棠从迪化南下攻击达坂城；第二路张曜从哈密向西进发；第三路徐占彪从巴里坤出发，到迪化东面的盐池与张曜会师，联合攻打吐鲁番。
刘锦棠连克达坂城和托克逊。阿古柏的次子海古拉弃城逃跑。
第二路张耀和第三路徐占彪会师后合围吐鲁番。吐鲁番守将白彦虎被迫南逃。
5月，阿古柏在喀喇沙尔集结嫡系浩罕兵马，准备和左宗棠决一死战。结果，左宗棠还没来到，阿古柏却在29日突然神秘地死亡了。
海古拉让白彦虎防守喀喇沙尔，自己携带父亲的尸体向西部撤退。
白彦虎被左宗棠打得走投无路，也往喀什噶尔方向逃去。
海古拉的侄子伯克·胡里在库车杀死了他，然后在喀什噶尔继承了爷爷阿古柏的王位。
这时，英国应阿古柏的求救才回应大清朝廷，要求左宗棠停止进攻，让伯克·胡里继续在喀什噶尔称王。
左宗棠愤怒地回应道：“英国想让浩罕人称王，可以在自己的国土上划出一块，凭什么要用大清的国土？”
他立即下令刘锦棠进军南疆。
10月，刘锦棠奔袭2000里，收复了南疆东部的四城喀喇沙尔、库车、阿克苏和乌什。
12月中下旬，刘锦棠攻克喀什噶尔。白彦虎逃入俄国境内。
次年一月，刘锦棠光复和阗。
至此，阿古柏建立的洪福汗国彻底覆灭了。除了被俄国占领的伊犁之外，清军收复了被阿古柏占领长达12年的回疆广大地区。
被俄国占据的伊犁是左宗棠背上的一根刺。
伊犁河谷地处北疆，是回疆进出中亚的重要门户。沙俄只要占据伊犁，入侵回疆易如反掌。
大清朝廷派遣曾国藩的儿子曾纪泽与俄国谈判。
俄国当时正在与土耳其进行第10次俄土战争，无暇东顾，被迫做了一些退让。
1881年2月，大清终于收回了伊犁。
1884年，大清正式设置了新疆省。兵部尚书刘锦棠任新疆省的第一任巡抚，接受陕甘总督的节制。
刘锦棠随即实行改土归流。他废除伯克制度，把新疆分为三个道，由朝廷派遣流官治理；仍然保留伯克的头衔，但是权利和级别大大下降；把伊犁将军府划归新疆巡抚管辖，而且只管伊犁和塔城的边防，不再总统全疆军务。实行移民实边，通过降低田租和发放贷款吸引内地的流民到新疆屯田垦荒。
左宗棠为了解决战争中的后勤问题，邀请了大批天津的商人随军进行买卖，俗称赶大营。
赶大营不仅为新疆带来了几千人的天津商贩，改变了过去由回回人掌控新疆商业的社会形态，而且也丰富了新疆汉人的人口成分。